Kota Manokwari sebagai ibukota Provinsi Papua Barat telah memiliki sebuah universitas berstatus negeri, yaitu Universitas Negeri Papua (Unipa), yang berlamat di Jalan Gunung Salju, Amban, Manokwari. Unipa didirikan berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 153 tahun 2000, merupakan pengembangan dari Fakultas Pertanian Universitas Cenderawasih (Uncen). Saat ini Unipa meliputi 37 program studi (Prodi ) S1 dan tiga Prodi S2. Kehutanan, Ekonomi Pembangunan, Pendidikan Bahasa Indonesia dan Teknik Komputer tercatat sebagai Prodi yang paling banyak mahasiswanya. Informasi selengkapnya :
Kota Manokwari berstatus sebagai ibukota Provinsi Papua Barat dan ibukota Kabupaten Manokwari. Kota Manokwari yang berstatus kecamatan, pada tahun 2012 dimekarkan menjadi empat kecamatan, yaitu Manokwari Barat, Manokwari Timur, Manokwari Selatan dan Manokwari Utara.
